近十多年来，辣椒商品生产基地区，由于有效灌溉面积减少，每个农户承耕的保灌面积有限，再加辣椒生产效率高，种植面积急剧增长，致使持续连作现象非常普遍。这种连作障害，对全国辣椒生产所造成的困扰日益突出，直接影响到辣椒种子正常的生长发育。因此，尽早重视和解决连作障害问题，对辣椒商品生产基地区的长期发展，无疑是十分重要的和紧迫的。

　　对连作障害防治的措施就是要防除引起连作障害的各类病虫害，其中最应关注的是病害，通常通用药剂控制田间发病，进行土壤消毒，消灭越冬寄主，进行深耕或淹水灌溉等措施，杀灭或减少病原菌和线虫，是防治辣椒种子病虫害的重要途径。另外，选择良好的栽培制度，合理的土壤耕作，也可降低病原菌存在的密度，选择抗病虫辣椒种子品种，限制病原菌增殖等措施也可减轻由病原菌引起的椒田连作障害。

　　辣椒种子土壤特性的改善，对根除或减轻、延缓连串作障害是相当重要的。又如深耕加深土壤的熟化层，增强透气性、保水性、保肥性、改善土壤结构，提高矿质营养的有效性等同样改善了土壤的理化特性。而深耕与增施有机肥料相结合，改善土壤理化特性的效果会更加显著。从而给根系的伸长创造了优越的土壤环境，使辣椒各自上子植株生长健旺，根除或明显减轻病虫害或生主能阻碍的影响。

　　即使病原菌的密度有所提高，只要辣椒种子生育健壮，患病的程度也将减轻，这是因为任何病害是否流行与发展，都是病原菌、环境和寄主三者相互作用而决定的，若土壤环境有利于作物的生长发育，而不利于病原菌的增殖寄主也增强了原病原侵染的抵抗力，就自然会限制病害的流行。
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